A forma mais prática de depurar um sistema é usando o tradicional printf do C/C++.

No cenário depuração de um drone em vôo a solução é usar uma serial bluetooth para receber as mensagens de depuração, do sistema e tudo mais, além de ser possível enviar comandos para o Drone.

Meu módulo bluetooth serial  EGBT-046S (HC-06) ligado no Bus Pirate.
Vale lembrar que o RX não é tolerante a 5V, para ligar no arduino precisa fazer um divisor de tensão.
[ http://www.e-gizmo.com/KIT/egbt-04.htm ]
Esquema para ligar EGBT-046S (HC-06) no I/O de Arduino



Pinout EGBT-046S (HC-06)